サブカテゴリというシステムはいかがでしょうか？
http://qb5.2ch.net/test/read.cgi/operate/1110263605/l50

２ちゃんねるのメニュー(bbsmenu)の改良について

いま、２ちゃんねるには700以上の板が存在してて、一段階のカテゴリで分類するのは難しいんじゃない？

サブカテゴリみたいなのを作って、メニューを多層構造にしてみたらどうよ。

ホントは2ch専用ブラウザ使うのが一番良いと思うんだけど、ここでは初めて2chに来た人でも使えるように、専用ブラウザ未導入の人向けの新しいメニューを作るってのはどうよ。

というおはなしです。

現在、話し合われている内容について

複数メニューの試験的平行運用について

やってみなければ分からない部分が多いので、試験的に複数のメニューを平行運用してはどうだろうか？

問題

ある板が複数のカテゴリに属することになり、削除系での混乱が予想される。
板名が似ている板があったとしても、カテゴリによって明確に板の趣旨が分けられていることもある。
カテゴリを変えてしまうと、曖昧になっていた部分が、明確になることである話題が板違いになってしまったり、カテゴリによって板趣旨が明確にされていた板については逆に板趣旨が曖昧になってしまい、どこでどの話題を扱えるのか、が判らなくなってしまう危険性がある。

http://okeya.halfmoon.jp/ch2/
サブカテゴリはいらない⇒検索によってフォロー

http://homepage2.nifty.com/finder/bbsmenu/2ch4.html
一番上のグローバルナビゲーション部分に、サブカテゴリに分類したカテゴリ一覧を配置

http://homepage2.nifty.com/finder/bbsmenu/2ch5.html
アイデア４に加えて、上部のナビゲーション(カテゴリ一覧)をJavaScriptで表示/非表示可能に

オリジナル 　38.9% 
アイデア2　　18.3% 
アイデア3 　　8.7% 
アイデア4 　　9.4%
アイデア5　 　 12%
興味がない　 15.6%